《医籍考》一书分“医经”、“本草”、“食治”、“藏象”、“诊法”、“明堂经脉”、“方论”、“史传”、“运气”九大类对医籍进行著录。“医经”类收录《黄帝内经》、《素问》、《灵枢经》、《难经》、《岐伯经》、《扁鹊内外经》等公认的中医经典著作及后世学者对这些经典的注解之作；“本草”类以《神农本草经》及《神农本草》为中心，收录各种注解、修补、类编、节要之作以及本草音义、本草图谱等；“食治”类收食物本草及食禁、食疗等书籍；“藏象”类专收论五藏六腑之书；“诊法”类收脉经、脉诀及脉法诸书；“明堂经脉”类收论经络之书及针灸图、针灸经；“方论”类则收各种方书，各朝代、各地域及各门类，应有尽有；“史传”类收医史、医人传及医籍目录；“运气”类收论五运六气之书。这九大类目既继承了中医目录分类中的优秀传统，又根据自己对中医学的认识对部分类目进行了创新，使中医目录的分类走向成熟合理。

目录史上对医籍分类较有代表性并与《医籍考》类目设置有关的目录著作主要有：《汉书·艺文志》、《新唐书·艺文志》和《通志·艺文略》，三者在类目设置上与《医籍考》的比照如表1所示：

可以看出，《医籍考》的九大类中，有六类是对前人的继承和发展，其“医经”一类是承袭《汉书·艺文志》“方技略”下的“医经”，其“明堂经脉 ”一类则是对《新唐书·艺文志》的继承，其“方论”、“本草”、“藏象”和“食治”四类则是在南宋郑樵《通志·艺文略》的基础上发展而来的。多纪元简稿本《医籍考》封面题有“郑夹漈艺文略”，其过录书目也多为《通志·艺文略》下“医方类”书目，可见多纪元简在编撰《医籍考》时参考郑樵《通志·艺文略》较多，其“方论”类很有可能是将《通志·艺文略》中的“方书”、“单方”、“岭南方”等综合起来，将各种方书统摄于“方论”一类；“本草”则是将《通志·艺文略》的“本草”、“本草音”、“本草图”“本草用药”、“采药”、“炮炙”六类合为一类，因为《通志·艺文略》的分类太过细致，以致有的类下只有一两种书籍，所以《医籍考》必须将相近的类目综合起来。而《医籍考》的“藏象”与“食治”两类，也是在《通志·艺文略》“五藏”与“食经”两类的基础上发展而来的。

剩下的“诊法”、“史传”、“运气”三类为《医籍考》首创，这三个类目的设置使得有关中医诊断方法、中医学史、五运六气之说的文献独立成类，与其他六个类目一起，把多纪氏对中医学术源流的独特认知有条不紊地表达出来。多纪氏认为中医有“道”有“术”：“推天地阴阳之秘，究藏府经络之理，疾疢之所由起，草石之所由设，皆使明于我而切于物，此医之道也。察人之虚实刚脆，辨病之吉凶深浅，而针石灸焫之宜，汤液丸散之施，使危者全，困者安，此医之术也”（多纪元坚《医籍考·序》）。而医之道术“渊奥博大，不易通达”，所以学医之士必须用心于目录之学，以溯流而穷源。在《医籍考》所设置的九大类目中，“医经”即是“推天地阴阳之秘”，“藏象”即是“究藏府经络之理”，“运气”即是“疾疢之所由起”，“本草”即是“草石之所由设”，“诊法”即是“察人之虚实刚脆，辨病之吉凶深浅”，“明堂经脉”即是“针石灸焫之宜”，“方论”、“食治”即是“汤液丸散之施”。《医籍考》通过这九个类目的设置将中医的“道”与“术”统一起来，真正地将“辨章学术”的目录学宗旨运用到专科目录的编制中来，创立了一套完整、成熟、合理的中医分类体系，有助于学医之士分门别类地学习，也有助于学者考辨中医学流派，厘清中医学各门类的发展史。这些使得《医籍考》的类目成为后世中医目录的参照，民国时期医史学家陈邦贤撰《中国医学史》一书，就是完全按照《医籍考》一书的类目来著录各时代医学书目的。即使是在西医学传入并严重影响中医学的近现代，许多中医目录也还在沿用着《医籍考》的一些类目，如《中国古籍善本书目》和《中国古籍善本总目》的子部“医家类”就沿用了“医经”、“本草”、“诊法”、“方论”和“史传”五类，1984年郭霭春的《中国分省医籍考》也沿用了“医经”、“本草”、“诊法”、“方论”四类。

《医籍考》中明确的类目设置除了九大类以外均没有标示，但它在部分类目之下通过条目的自动聚类形成了隐性的子目，如“医经”之下分为素问、灵枢、素问灵枢合编、难经以及其他经书等五个小类；“本草”下分“神农本草经”和“神农本草”；“方论”一类中所收各书即是按照伤寒、温疫、诸方、寒食、眼目、口齿、金疮、外科、妇人、胎产、小儿、痘疹等小类的次序进行排列的；其“史传”一类下也分医史和目录两个小类。中医目录史上很少在大类之下对医籍进行更小类的划分，大都笼统地将医籍归于方技略、子部医家类或与此相似的类目之下，仅有少数目录在医家类下又分出几个三级类目；如《旧唐志》在“医术”一类下就划分了本草、养生、病源单方、食经、杂经方和类聚方六个三级类目；郑樵的《通志·艺文略》也将“医方”细分为脉经、明堂针灸、本草、本草音等二十六个三级类目；清代徐乾学《传是楼书目》也在子部医家类列出“经论、明堂针灸、方书、伤寒、女科、幼科、外科”七个三级类目。这些书目虽然在类目级别上将医籍细分到了三级，但它们在分类上普遍存在一定的问题：一是分类标准不统一，有的按中医的学术体系来分，如“经论”、“明堂经脉”、“本草”等，而同时又有类目是按照中医的各科来分的，如“女科”、“幼科”、“外科”；二是类目级别不统一，如《通志·艺文略》中的“本草”与“本草音”、“本草图”、“本草用药”、“采药”、“炮炙”等明显是上位类与下位类的关系，《通志》却将它们置于同一类目级别。

《医籍考》一书的类目，相当于在子部医家类下分了九个三级类目，而在这九个三级类目之下又进一步进行了划分，这是同时期其他中医目录所没有的。这些子目的设置，不仅避免了分类标准不统一的问题，还解决了一些类目（如“方论”）因条目较多而混乱的问题。更重要的是，它通过这些子目的设置，将中医的学术体系进行了进一步细分，使得各门学术下的各家各派自成体系。如“医经”下的“素问”、“灵枢”、“素问灵枢合编”、“难经”、“其他经书”五类，不仅将各家经典明确分开，还设立“素问灵枢合编”一类来收录对《素问》、《灵枢》二书进行合编分类的书，使类下诸书各有所归，条理清晰，一目了然。“本草”下的“神农本草经”和“神农本草”两类则是对本草经与本草应用进行区分，相当于将本草这门学问的理论与实践分开。“方论”一类更是通过“伤寒”、“口齿”、“妇人”、“小儿”等诸多小类的设置将各科方书统一起来，有整有零。这样的细分对于理清各门类下各派别的学术源流和学医者的选择性阅读都有重要意义。这些子目的设置与其九个上位类形成一个网络，较好地涵盖了中医的学术体系，使得各门类各学派之间既有明确的界限又有条不紊地整合在一起，对于考辨中医学术源流意义重大。遗憾的是，《医籍考》的这些小类都没有明确标示出来，不过后世很多目录家都悟出了这些小类，并效法《医籍考》的子目设置，如1982年贾维诚的《三百种医籍录》之“医经”类就仿照《医籍考》设置了“素问”、“灵枢”、“合编”与“难经”四个子目；《中国分省医籍考》之“方论”类就以《医籍考》“方论”下的子目设置为参考标准。

《医籍考》各类目之下诸书的排列也蕴含着作者独具匠心的安排。通常情况是，每类之中，先著录最古最经典之作，之后将后人围绕此书作的注解、补编、重修等著作按时代依次排列，然后才著录其余各家的此类著作，就好像诸子百家以儒家为宗，百家次之。

以“伤寒”一类为例，多纪氏父子于伤寒研究最精深。在《医籍考》一书中，“方论”之下第一小类即为“伤寒”，此小类下首先花大量篇幅著录了张仲景《伤寒卒病论》和《金匮玉函》这两部伤寒学的开山之作，此后按时代顺序依次著录了金人成无己、宋云公，元人滑寿、许弘，明人汪机、胡朝臣、方有执、王肯堂、赵开美、史闇然、卢之颐，清人喻昌、徐彬、张志聪、张璐、汪琥、徐大椿、黄元御、戴震、吴仪洛等的注解、类证、选录、续编、条辨、纲目、集注、类编、重订《伤寒论》之书。之后又从头开始著录诸家在伤寒学方面的其余著作，如晋人王珉《伤寒身验方》、宋人钱乙《伤寒指微论》、宋人庞安时《伤寒总病论》、宋人朱肱《伤寒百问》、元人吴恕《伤寒活人指掌图》、元人马宗素《伤寒医鉴》、明人皇甫中《伤寒指掌》、明人巴应奎《阐明伤寒论》、明人闵芝庆《伤寒阐要编》、清人李中梓《伤寒括要》、清人黄元御《伤寒说意》等之类并非以张仲景《伤寒卒病论》和《金匮玉函》为蓝本的著作。这种排列将该门学术的主流与支流分离开来，真正具有溯源穷流的作用。《医籍考》在对诸书按上述理念进行排列时，如遇到较为重要的著作，后人亦有增补或删补之书，也利用同样的理念将增补之书紧接原书之后进行著录。如“伤寒”类下著录金人成无己《明理论》一书，因后人有比较重要的续补之作，就暂时打破了按时代排列的次序，在该书之后依次著录了明人陶华《伤寒明理续论》、明人巴应奎《伤寒明理补论》、明人闵芝庆《伤寒明理论删补》以及清人汪琥《增补成氏明理论》四书，以使这五部书形成一个以《明理论》为核心的小阵列。随后则继续著录金人宋云公的《伤寒类证》及后代著述，延续总体的排列思路。

又如“诊法”一类下，首先按时代顺序依次著录了《黄帝脉诀》、《黄帝脉经》、《素女脉诀》等经典，至西晋王叔和《脉经》时，因后人多有续、补、注及刊误等著作，因此将这些著作依次著录于后，有高阳生改编王叔和《脉经》而成的《脉诀》、刘元宾《脉诀机要》、通真子《续注脉赋》与《补注王叔和脉诀》、亡名氏《王叔和脉诀发蒙》、李駉《集解脉诀》、张元素《潔古注叔和脉诀》、戴起宗《脉诀刊误集解》、《脉诀刊误附录》、汪机《补订脉诀刊误》、徐枢《订定王叔和脉诀》等书目，直至清代李延昰《脉诀彙粹》。然后才又继续著录王叔和《小儿脉诀》、皇甫谧《脉诀》等后代著述，回到总体的排列顺序上来。同时，在对这些续补王叔和《脉经》的著作进行著录时，有戴起宗《脉诀刊误集解》和《附录》两书，清代汪机对它们进行了补订，本来汪机（1463-1539年）的时代比位于其后的徐枢（1355-1441年）要晚，但因为他的《补订脉诀刊误》一书是对戴起宗之书的补订，所以将它提前。

这种以书为主，以时代为辅，并且层层相扣的排列方法，充分表达了《医籍考》作者以学术源流为宗的目录学思想，即使是在处理目录著作的最小单元——一条一条的书目时，他们也时时不忘最大限度地溯源穷流。

多纪氏父子编撰《医籍考》，并不是纯粹以医家的资历，而是有着深厚的目录学意识及功底。多纪元简之所以要创编《医籍考》，是因为在他晚年的时候，西方医学传入，日本汉医受到极大打压，眼看着汉医后继无人，他萌生了编撰中医目录以考辨中医学术的念头。多纪氏父子深知目录学对于考辨中医学源流的重要意义，在编撰《医籍考》时始终以“辨医学源流”为宗旨，期望该书能成为“学医之津梁，济生之关键”，使读者“读是书则一目了然，千百年医书之渊源流派，如指诸掌。因以读诸家，则不为多歧所惑，不为曲说所囿”^[1]。同时，多纪氏父子藏书丰富，他们为自家藏书编制了《聿修堂藏书目录》，这是多纪氏父子对中医目录的另一贡献。另外，与多纪氏父子交游较多的井上金峨、吉田篁墩、狩谷棭斋、涩江全善、森立之等均是有名的儒学考证家、藏书家和目录学家，森立之的《经籍访古志》即是每月一二次在多纪元坚之别院“绿汀”之中与涩江全善、海保元备、伊泽信道等人论定完成的。这些因素都使得多纪氏父子在编撰《医籍考》时，不仅有他们自身的医学知识作基础，还拥有了强大的目录学知识作保障。因此，汇聚父子三人之力的《医籍考》一书，不管是在九大类的设置上，还是在部分大类下子目的自动聚类上以及各类下诸书的排列上，都无一例外地体现着目录学“辨章学术，考镜源流”的终极意义，使得《医籍考》成为中医专科目录史上的典范之作，日本多纪氏之后冈西为人的《宋以前医籍考》和中国20世纪末期由严世芸主编的规模巨大的《中国医籍通考》的类例体系都是在《医籍考》的基础上发展而来的，可见其影响之深远。